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Riche de sept siècles d’histoire, le site Descartes a notamment abrité le Collège de Boncourt dès 1353, et l’École polytechnique de 1805 à 1976, l’une des plus célèbres écoles d’ingénieurs françaises.

L’École Polytechnique est créée en 1794, sous le nom d’École centrale des travaux publics, afin de faire face à la pénurie d’ingénieurs et de cadres supérieurs en France. Rebaptisée École polytechnique en 1795, elle a pour mission de donner à ses élèves une solide formation scientifique en s'appuyant sur les mathématiques, la physique et la chimie. Elle les forme pour entrer dans les écoles spéciales des services publics de l’État, comme l’École d’application de l’artillerie et du génie, l’École des mines de Paris ou l’École nationale des ponts et chaussées. En 1804, Napoléon donne à l’école son statut militaire et sa devise « Pour la patrie, les Sciences et la Gloire ».

La même année, les locaux du collège de Navarre, du collège de Boncourt et du collège de Tournai, désaffectés depuis la Révolution, sont attribués à l’Ecole polytechnique. La plupart des bâtiments anciens sont démolis au cours du XIX^e siècle et remplacés par les bâtiments actuels. L’imposant portail de l’Ecole polytechnique est édifié en 1838 par l’architecte A. M. Renié dans le style néo-classique. Il présente deux hauts-reliefs symbolisant la double vocation de l’école : former des ingénieurs civils des mines et des ponts et former des cadres militaires. Derrière le portail, s’étend la grande cour appelée cour de Navarre.  Le grand pavillon au fond de la cour a été commencé en 1785 par l’architecte Maximilien Brébion et complété en 1818 par les deux pavillons de garde édifiés par François-Jacques Delannoy. Les bâtiments qui l’entourent sont des reconstructions. Ainsi, le pavillon Joffre provient de l’ancien pavillon des Bacheliers de Navarre construit vers 1740. Lors de son réaménagement en 1936, seul l’avant-corps central est conservé tandis que le pavillon est reconstruit en béton puis rhabillé de pierre en 1984. Le pavillon Foch,lui, occupe l’emplacement de l’ancienne chapelle ; il a été construit en 1928. Enfin, la galerie de Navarre, qui ferme la cour, a la forme de la boîte du chapeau-claque des Polytechniciens.

En 1970, l’école Polytechnique devient un établissement public, sous la tutelle du ministère de la Défense. En 1976, elle quitte le Quartier Latin pour Palaiseau.

Depuis 1981, le siège du ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche occupe les anciens locaux de l’Ecole polytechnique. Il se compose des bâtiments entourant la cour de Navarre et du pavillon Boncourt. Le pavillon Boncourt abrite le cabinet de la secrétaire d’Etat.